Молодой человек ведёт двойную жизнь. Днем он программист Андерсон в крупной компании, ночью — хакер Нео. Однажды на его персональный компьютер приходит странное сообщение: «Ты увяз в Матрице» («The Matrix has you…»). Неизвестный даёт ему указание «следовать за белым кроликом». Нео встречает девушку с татуировкой в виде белого кролика. Следуя за ней, он приходит в ночной клуб. Там он знакомится с девушкой-хакером по имени Тринити, которая обещает раскрыть Томасу тайну Матрицы. Для этого Нео должен встретиться с тем, кого давно ищет, — Морфеусом, которого власти считают опаснейшим террористом.
У Нео не остается времени для колебаний, потому что его компьютерными преступлениями уже заинтересовались так называемые «агенты», своеобразные «охранники» Матрицы. Морфеус предлагает молодому человеку увидеть Матрицу собственными глазами и предлагает на выбор две таблетки — синюю, приняв которую Нео проснётся в своей постели и поверит, что это был лишь сон, и красную, которая позволит Нео понять, что такое Матрица. Нео выбирает красную таблетку.
Нео попадает в жуткий разрушенный мир, который оказывается настоящим реальным миром. Он узнаёт, что привычный ему мир является иллюзией, порождённой искусственным интеллектом суперкомпьютера, чтобы держать людей в подчинении. Планета погружена в вечный сумрак, города лежат в руинах. Люди порабощены всесильными машинами, чтобы производить им энергию, необходимую для выживания. Те немногие, что смогли сохранить сознание, прячутся в катакомбах и ведут партизанскую войну против машин, научившись самостоятельно входить в Матрицу и выходить из неё.
Последним городом человечества является расположенный глубоко под землёй Зион, из которого предпринимаются отчаянные вылазки на летающих кораблях в мир Матрицы для спасения подключённых к ней людей. Один из таких кораблей носит название «Навуходоносор», и его капитаном является Морфеус. Он верит, что Нео — Избранный, который сможет спасти человечество от власти машин.
Однако в экипаже «Навуходоносора» появился предатель Сайфер, готовый променять жизнь своих друзей и свободу разума на сладкий обман Системы. Сайфер сдаёт своих бывших друзей агентам — автономным программам Матрицы, которые жаждут получить коды доступа к Зиону. Морфеус попадает в плен к агентам. Нео и Тринити ценой сверхчеловеческих усилий спасают своего капитана, но Нео приходится бежать от агентов, преследующих его. Нео не успевает выйти из Матрицы, и агент Смит убивает его. Однако Нео оживает (так как на самом деле он и есть Избранный), ощутив в себе силу. Он с лёгкостью уничтожает Смита, разрушив его программный код.
В конце фильма Нео звонит по телефону, он обещает, что покажет людям, запертым в Матрице, что «возможно всё».
0 
